影響農村污水處理設備運行管理水平的因素很多，包括產權責任、經營管理模式以及國家和地區的政策制度等制度因素。還有經營資金、管理和護理人員技術水平等因素。目前，在農村生活污水處理設施的運行管理過程中，存在著以下幾個亟待解決的問題。

規劃設計不科學

許多農村地區的污染防治工作很快就開始了，一些規劃設計只是簡單的應用，沒有考慮到當地的實際情況，形成了很大的規劃設計能力。如蘇北某鄉鎮污水處理廠總投資178萬元，設計污水處理規模500t/d。由于配套管網建設滯后，實際收集的生活污水達不到滿載運行，設施不能連續運行24小時，設備閑置時間長，效率降低。

缺乏專業的運營管理人員

大中型城市污水處理廠的經營管理人員應具備相應的專業技能，其人數應滿足污水處理廠的需要[14]。但是，農村生活污水處理設施的經營管理主體很多，既有鄉鎮政府、鄉鎮或流域供水站，也有村委會。權力和責任的不平等很容易導致推諉、管理失敗等[15]。農村生活污水處理設施的管理人員主要是當地村民，缺乏環保相關知識和設備的操作管理技能，只能負責日常的設備保養，不能勝任系統維護的專業化水平，導致污水處理效果和出水水質不達標等方面的波動。

維護經費無法保障

資金短缺一直是制約農村生活污水處理的難題。中國約有60萬個村莊，其中許多村莊缺乏必要的環境保護設施，急需財政支持。由于缺乏科學的籌資機制和渠道，私人資金難以投資[2]。單靠財政預算，地方財政困難十分困難，特別是對西部欠發達地區更是如此[8]。

污水處理設施建成后，為了保證設備的長期穩定運行，必要的維護資金是必不可少的，而許多鄉鎮地區用于環境保護的資金缺乏相應的保障體系。除少數地區將經營管理和保障資金納入預算外，大部分地區只有少量補貼，不能滿足設施正常運行的需要，出現設備“曬”現象，降低了設施的效率水平。

管理體系尚未健全

突出表現在兩個方面：一是不同地區管理水平的差異，二是缺乏統一的規范體系。一些鄉鎮對設施的運行有很大的監督和較高的經營管理水平，但在一些相對落后的地區，由于缺乏重視和技術水平，設施的運行效果不盡如人意。在一些領域，沒有明確的經營治理目標，評價方法不科學，量化不好，評價指標一般單一，區域管理要求不同，許多地區水質達不到標準；行政法規不完善，缺乏解決設計問題的依據。施工和運營管理，管理是任意的。